明朝万历年间，贵妃童娘娘为了把自己的儿子推上太子之位与东厂公公曹花若合谋，大肆诛杀秉真直谏的御史，一时间在京城内外掀起腥风血雨，不少知道真相的御史清官遭遇杀身之祸给贵妃同娘娘和东厂公公曹花若充当杀手的，正是曹花若三个义子之一的马行空。 马行空的父亲曾是朝廷高官。父亲马长云在一场官场风波中无端丧身之后，年幼的马行空被东厂公公曹花若收养，跟随曹花若习武读书，练就一身非凡功夫，成为曹花若的杀人工具。马行空拿着义父与贵妃同娘娘共同拟就的一份诛杀名单，屡屡出手屡屡得手。一个个清官御史的人头落地，马行空开始为自己的魔鬼行径后怕反思。琴师灵儿是马行空陷入孤独困苦时结识的一个纯真哑女。和灵儿在一起时的本真感觉，使得马行空萌生退隐之意。马行空刚刚萌生退隐之意，义父曹花若就以马行空拒绝执行杀人任务，而派义子仇虎和冷战对马行空实施暗害。仇虎和冷战的伎俩落空，马行空从此与曹花若彻底决裂。为保护灵儿的安全，马行空带着灵儿逃离京城，来到京城外的一家客栈，将灵儿托付给江湖朋友柳冰玉，同时藏匿起将贵妃童娘娘和曹花若拟就的杀人名单。马行空背叛师门，曹花若决定清理门户，命义子仇虎和冷战一路追杀。仇虎和冷战追至客栈，柳冰玉八面玲珑，成功保护了灵儿，将仇虎和冷战引向马行空栖身的荒野小屋。马行空在客栈外的荒野小屋为仇虎和冷战准备好了葬身之地。仇虎和冷战自知不是师兄马行空的对手，冷战发出毒镖，马行空躲闪不及身中毒镖。马行空处境危险时，黑夜中突然杀出一个蒙面大侠，挡住仇虎和冷战，使得马行空带伤逃生。马行空于悬崖处坠崖而“死”，仇虎和冷战回京城向义父曹花若复命。马行空命不该绝，顺悬崖下的溪流漂流而下，得少林寺慧善大师妙手回生。马行空大难不死，给少林寺带来腾腾杀机。东厂公公曹花若亲自出马，挟持客栈里的灵儿，向少林寺奔杀而来。少林寺外，马行空与曹花若不共戴天，刑部总捕头张无忌带圣旨助阵。曹花若死于马行空的长剑之下，马行空了却家仇国恨，从此投身佛门修行向善。